去铁酮最常见不良反应是淡红色/棕色尿，是由于铁-去铁酮复合物的排出所致。一般不良反应包括：恶心，呕吐，腹痛和食欲增强。多在服用去铁酮治疗的早期出现，且大多数患者在继续治疗数日或数周后缓解。对一些患者，可先降低去铁酮服用剂量然后再升高至75mg/kg/天是有益的。有服用去铁酮的患者出现关节症状的报告。关节症状从一个到多个关节的轻度疼痛直至严重的关节炎。多数患者在继续治疗后上述症状自行缓解。有服用去铁酮的患者出现谷丙转氨酶（ALT）增高的情况。绝大多数患者的ALT增高是无症状的和一过性的，在未停药也未降低去铁酮的剂量的情况下，其ALT可恢复正常。一些患者随着本身铁负荷的增高或丙肝的感染而出现肝纤维化的进展。少数患者出现与去铁酮相关的血浆锌水平降低，可口服补锌保持正常水平。 在临床试验中报告的最严重的不良反应是粒细胞缺乏症（嗜中性粒细胞<0.5×109/l），出现的患者为1.2％（0.6例/100患者/年）；其次为嗜中性白细胞减少症（嗜中性粒细胞<1.5×109/l），出现的患者为6.5％（3.5例/100患者/年）。这样的发生率，应考虑地中海贫血患者本身具有的能够促使嗜中性白细胞减少的原有病变基础，特别是那些伴发脾功能亢进的患者。
奥贝安可药代动力学：吸收：去铁酮在上消化道快速吸收。患者空腹服用单剂去铁酮，血清峰浓度出现在45-60分钟；餐后服用，达峰时间延长至2小时。给予25mg/kg剂量，尽管与食物同服并不降低吸收总量，但餐后服用的血清峰浓度（85μmol/l）比空腹服 用（126μmol/l）低。
代谢：去铁酮主要通过葡萄糖醛酸化代谢，通过使去铁酮的3-羟基团失活，使其失去结合铁的能力。葡萄糖 醛酸化代谢物血清峰浓度在服用去铁酮2-3小时后出现。
消除：去铁酮主要通过肾脏消除，报告在服用后24小时，总剂量的75％-90％由尿排出，以去铁酮原形，葡萄糖醛酸化代谢产物以及铁-去铁酮复合物形式存在。报告通过粪便有不定量的清除。多数患者的消除半衰期在2-3小时。
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