盐酸司来吉兰与部分药同时服用，可能会引起某些严重的不良反应，对患者造成不良影响。因此，用药前了解盐酸司来吉兰有哪些注意事项是十分必要的，建议在医生的指导下用药。
要留意本药与间接拟交感神经药相互作用所引起的理论上高血压反应。治疗帕金森病所用的本药剂量与含酪胺食品同时服用未发现有高血压反应。
盐酸司来吉兰与非选择性单胺氧化酶抑制剂合用可能引起严重低血压。同时与单胺氧化酶A抑制剂吗氯贝胺服用并无耐药问题的报告。但同期服用此类药品（MAOA及MAOB抑制剂）及酪胺类物质（含酪胺食品，如发酵食品及饮料、芝士、香肠、腌肉类、野味、动物肝脏、牛肉汤、咸鱼、豆类及豌豆、德国腌菜及酵母制品），会轻度增加高血压反应。
由于盐酸司来吉兰与吗氯贝胺同时服用文献报导不详，这两种药不能同时服用。有报告本药与度冷丁有相互作用，由于有些相互作用可致命并且机理未被确定，所以应避免同时服用。
盐酸司来吉兰与氟西汀同时服用有报告产生严重反应，例如共济失调、震颤、高热、高/低血压、惊厥、心悸、流汗、脸红、眩晕及精神变化（激越、错乱及幻觉），演变至谵妄及昏迷。
本药与其他两种5-羟色胺再摄取抑制剂舍曲林及帕罗西汀同时服用也有类似报导，并且相互作用机制并不清楚了解，这些药物及本药应避免同时服用。
由于氟西汀及其代谢产物的半衰期较长，氟西汀停药最少5星期后才可开始服用本药。本药及其代谢产物半衰期短，停药2星期后即可开始服用氟西汀。
在健康志愿者中，同时服用本药及西酞普兰无任何临床，药效学或药物动力学的相互作用。不过，同时服用本药及所有选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，如维拉法辛及氟伏沙明都要注意。
本药及三环类抗抑郁药同用时要小心，曾报告有严重中枢神经症状，有儿例出现高热、震颤及激越的死亡报告。其他报告同时服用本药及三环类抗抑郁药的副反应有：高/低血压、眩晕、出汗增加、震颤、抽搐、行为及精神改变。由于相互作用机理尚未清楚，同时服用这些药物时要谨慎。
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